¿Cómo tener archivos css y js para plantillas diferentes una para el Frontend y otra para el panel de administración?

Tengo dos plantillas una para el Frontend y otra para la administración que utilizan diferentes tipos de archivos js y css. A la hora de minificar los archivos css y js de ambas plantillas se distorsiona el diseño. Entonces me gustaría saber como puedo lograr minificar estos archivos para que cada uno tenga los archivos css y js que le corresponden.